- labo bezoek op: 29/01/2010- Binnen het Centrum voor Microbiële en Plantengenetica (CMPG) wordt fundamenteel genetisch onderzoek uitgevoerd met toepassingen in de landbouw en in de gezondheidszorg. De labodag zal zich afspelen in de groep voor Symbiotische en Pathogene Interacties (SPI). In deze groep onderzoekt men mechanismen die een rol spelen bij de overleving van de bodembacterie Rhizobium etli in de boonplant en bestudeert men de stressbestendigheid van de menselijke ziektekiem Pseudomonas aeruginosa.
Omschrijving
Deze bacterie is één van de meest voorkomende ziekenhuisbacteriën en kan ernstige infecties veroorzaken, voornamelijk bij personen die aan de erfelijke aandoening mucoviscidose lijden. Tijdens de labodag zullen de studenten kennismaken met de basistechnieken die nodig zijn om de pathogeen P. aeruginosa te bestuderen.
In een eerste onderdeel zullen de studenten leren hoe ze bacteriën kunnen inoculeren zodat deze op een voedingsbodem groeien en zal er een bepaalde vorm van voortbeweging bestudeerd worden, ‘swarming’ genaamd. Bij deze ‘zwerm’-beweging verplaatsen bacteriën zich op een vaste voedingsbodem waardoor een specifiek patroon wordt gevormd. Men heeft ontdekt dat deze beweging een belangrijke rol speelt bij het infectieproces. Het patroon dat de bacterie vormt zal in de tijd opgevolgd worden (macroscopisch) en de cellen zullen ook microscopisch bestudeerd worden.
Een tweede onderdeel heeft rechtstreekse toepassingen in de geneeskunde, waar verschillende technieken worden gebruikt om te bepalen met welke Pseudomonas stam een patiënt geïnfecteerd is. Enerzijds zal deze diagnose gesteld worden door na te gaan of een bepaald gen aanwezig is in het DNA (= de genetische code) van een bacteriestam. Er wordt een gen gekozen dat kenmerkend is voor een infectieuze stam van Pseudomonas zodat het onderscheid kan gemaakt worden met een niet-infectueuze stam, waar het gen niet aanwezig is. De techniek waarmee dit wordt gedaan is PCR, wat staat voor ‘Polymerase Chain Reaction’ of Polymerase Ketting Reactie en wordt zeer veel gebruikt in de biotechnologie. Nadien zal het geselecteerde gen op een gel zichtbaar gemaakt worden.
In een derde onderdeel zal de identificatie en karakterisering van verschillende Pseudomonas stammen worden uitgevoerd via ‘disc assays’. Hierbij worden de bacteriën in contact gebracht met verschillende antibiotica door op een voedingsbodem kleine papiertjes te leggen die doordrenkt zijn met antibiotica. Op basis van de grootte van de zone rondom het papiertje waar de bacterie niet kan groeien, kan de stam geïdentificeerd worden waarna de behandeling van de patiënt kan worden aangepast.
